有瑕疵的协议离婚还有效的。但属于如下情形的除外：（1）当事人协议离婚时，属于民事行为能力人或无行为能力人的；（2）双方协议离婚违反法律规定、行规的强制性规定的；（3）其他情形。【法律依据】《婚姻登记条例》第十条内地居民自愿离婚的，男女双方应当共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。第一百四十三条具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律、行规的强制性规定，不违背公序良俗。